Средняя температура летом (июнь−сентябрь) составляет около +27°С, зимой (декабрь−февраль) — +25°С. При этом суточные перепады температур крайне незначительны: столбик термометра по ночам редко опускается ниже +20°С даже в зимний период.
Бонайре находится южнее «карибского пояса ураганов», благодаря чему здесь никогда не бывает ураганов.
На острове находится один из первых охраняемых морских парков в мире, созданный еще в 1979 году и носящий статус национального парка Нидерландов. Парк простирается от прилива до 65 метров ниже поверхности моря и окружает весь остров Бонайре и соседний остров Клейн Бонайре.